Os elevados custos de produção têm dificultado o trabalho dos aquicultores, especialmente o preço da ração. Com exceção da malococultura (cultivo de ostra), a despesa com o alimento varia entre 70 e 80%. Essa foi a conclusão a que chegou a pesquisadora Andréa Munoz do núcleo Pesca e Aquicultura da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) com base na experiência de três anos de desenvolvimento do Projeto Campo Futuro da Aquicultura, uma parceria da Confederação Nacional da Agricultura com aquele núcleo.
“Em geral, além da ração, outros itens de custo importantes são: gastos administrativos, alevinos (filhotes de peixes), mão de obra, energia e combustível”, diz a pesquisadora em seu estudo, que tratou de custos de produção na aquicultura. Para realização do trabalho foram pesquisados 27 polos de produção de seis espécies de pescado: tilápia, tambaqui, pintado, pirarucu, camarão e ostra, dentre os principais polos das espécies comerciais.