Uma análise de pedigree realizada pela Empresa Brasileira de Pesquisa Brasileira (Embrapa) em parceria com a Associação Brasileira de Criadores de Cavalo Pantaneiro (ABCCP) revelou que a raça possui uma grande diversidade genética quando comparada com  outras raças do país.

De acordo com o pesquisador Samuel Paiva, do núcleo Recursos Genéticos e Biotecnologia da Embrapa, a equipe avaliou por três anos os dados de pai, mãe e prole de cavalos registrados na Associação desde sua criação até 2009 para chegar a essa conclusão.

Com a análise de pedigree feita em mais de 11 mil animais, Paiva garante que o cavalo Pantaneiro possui baixos graus de consanguinidade, de forma geral. Segundo ele, os estudos identificaram 11 “famílias” dentro da ampla variabilidade genética verificada na raça.